A pintora do arco-íris:

Após o golpe de 1964, foi cassado pelo primeiro Ato Institucional e se autoexilou; ao retornar ao Brasil, voltou a exercer a engenharia e cuidar de negócios, mas manteve contato com exilados.
Em 1971, a repressão da ditadura o prendeu, suspeitando de envolvimento com o guerrilheiro Carlos Lamarca. Rubens foi morto nas dependências de um quartel militar entre 20 e 22 de janeiro de 1971. Seu corpo foi enterrado e desenterrado diversas vezes por agentes da repressão até ter seus restos jogados ao mar, na costa da cidade do Rio de Janeiro, em 1973, dois anos após seu assassinato.
Eunice Paiva, sua viúva, lutou durantes anos pelo reconhecimento da responsabilidade do Estado na sua morte. O caso foi um dos investigados pela Comissão Nacional da Verdade, que confirmou o assassinato de Paiva cerca de 40 anos após seu desaparecimento. Rubens é pai do escritor Marcelo Rubens Paiva, que escreveu um livro sobre sua história, posteriormente adaptado para o cinema.